Protocolo y esquema sobre cómo hacer un modelo de una molécula de la cual quieres obtener información sobre un parámetro.
- Abrir una nueva página en el hyperchem. Se escoge de entre los átomos por defecto que salen en la barra de herramientas (C, por ejemplo) y se dibuja una primera figura inexacta de la molécula que se desea construir. (Se hacen dobles enlaces haciendo doble click, o enlaces deslocalizados)
- Una vez construido este primer modelo en 2D, se accede a la pestaña Build/ Add H & Model Build. Se obtiene un primer modelo en 3D (alejado de la realidad) de la molécula que se desea construir.
- El próximo paso es optimizar esta molécula y hacer que adquiera una disposición espacial que se acerque más a la realidad. Para ello primero se calculan 2 datos iniciales (energía y gradiente, aparecerán abajo a la izquierda) con la opción Compute/ Single point.
- La primera optimización se va a realizar echando mano de la mecánica molecular. Se accede a Setup/ Molecular Mechanics y se escoge el campo de fuerzas deseado (MM+ por ejemplo)
- Para optimizar la figura geométrica, se accede a Compute/ Geometry optimization y se escoge una de las opciones (Steepest descent por ejemplo) y se edita en la parte izquierda del cuadro el número de ciclos o las calorías.
- El próximo paso es aplicar la mecánica cuántica para obtener resultados y datos más cercanos a la realidad. Se accede a Setup/ Semi-empirical, y se escoge una de las opciones (AM1, por ejemplo)
- Se realiza una segunda optimización del modelo de la misma manera que la anterior, pero esta vez se escoge Polak-Ribiere.
- Para obtener datos sobre la molécula, se accede a la pestaña Display/Labels, o en la misma pestaña de Display se pueden seleccionar algunos datos que el programa puede mostrar.
